Die Geschichte von The Old Republic beginnt mitten im Kalten Krieg zwischen Sith-Imperium und Republik. Der Frieden ist brüchig und die Nerven sind angespannt. Republik und Imperium führen wie auf Balmorra oder Ord Mantell nicht wenige Stellvertreterkriege und nach Akt I der Klassenstories bricht tatsächlich eine heiße Phase des Krieges an.

Das zuerst von den Sith befriedete Balmorra (die Widerstandszelle die der imperiale Agent eliminiert bescherrt dem Jedi Botschafter später seinen Gefährten Zenith) wird befreit und der Jedi Botschafter setzt einen seiner Verbündeten als neuen Regierungschef durch. Mit Balmorras Waffenproduktion wird schließlich auch Corellia zurückerobert, während auf Hoth, Belsavis und Voss gekämpft, aber kaum gewonnen wird.

Dennoch endet die Meta-Geschichte der alten Republik bis jetzt mit herben Verlusten auf beiden Seiten.

Der Schlächter von Coruscant, Großmoff Kilran ist tot. Er starb beim Versuch ein Einsatzteam daran zu hindern den 300 Jahre gefangenen Revan zu befreien. Revan selbst griff daraufhin auf ein Stück seiner alten Erinnerungen zurück und reaktivierte eine weitere "Superwaffe" der Rakata, die Fabrik. Doch das Imperium unter der Führung Darth Malgus bemächtigte sich Revans Festung und die Fabrik samt dem dort zerstörten HK-47 sollte schließlich ihren Weg in Malgus persönliches Arsenal finden.

Ein junger Schmuggler steigt zum König der Unterwelt auf, ein imperialer Agent enthüllt ein jahrhundertealtes Geheimnis, das den Kriegsverlauf verändern könnte. Und der Chaostrupp (alis Havoc Squad) bricht der imperialen Armee das Rückgrat, indem sie deren fähigsten General zumindest kurzfristig festnehmen.

Währenddessen gelangt der Erbe des vergessenen Sith Lords Aloysius Kallig durch ein Duell mit Darth Thanaton an einen Sitz im dunklen Rat und hat eine Machttechnik gemeistert, die es ihm erlauben würde Geister und wohl auch Macht-Entitäten an sich zu binden. Mit dem Tod des Erztraditionalisten Thanaton könnten die Sith in eine neue Ära übertreten.

Beim Kampf gegen eine blutige Verschwörung steht der Mandalorianer und Champion der Großen Jagd dem Obersten Kanzler der Republik gegenüber, der ihn für geraume Zeit zum Staatsfeind Nr. 1 erklärt hatte. Kanzler Janarus verschwindet jedoch und die aggressivere Gouverneurin Saresh (von Taris) übernimmt das Steuer der Republik.

Nach dem Verrat durch seinen Meister Darth Baras avanciert ein junger Sith Lord zum neuen Zorn des Imperators, eine Position die vor ihm nur der nun abtrünnige Lord Scourge inne hatte. Baras hat die Stimme (die Verkörperung) des Imperators auf Voss in eine Falle gelockt und sich kurzerhand selbst zum Regenten des Imperiums und der echten Stimme erklärt. Doch geführt von der mysteriösen Hand des Imperators bringt der Zorn Baras Herrschaft zu einem raschen Ende.

Im Helden von Tython hat indessen Lord Scourge jenen Jedi Ritter erkannt der nach seiner Vision eines Tages den Imperator vernichten wird. Scourge weiß um die wahre Natur des Imperators, der schon längst über seinen sterblichen Körper hinausgewachsen scheint. Einst verschlang der Imperator die Lebenskraft eines ganzen Planeten um Unsterblichkeit zu erlangen, nun will er sein Werk vollenden und in einem gewaltig angelegten Ritual einem Leviathan gleich die Galaxis zu konsumieren beginnen. Bei einem Überraschungsangriff auf Dromund Kaas gelingt es dem Jedi Ritter jedoch den Imperator in seinem eigenen Tempel zu erschlagen. Oder zumindest eine seiner Stimmen. Der Imperator mag nicht tot sein, doch sein Geist ist schwer geschwächt, wie die Hand seinem Zorn gesteht.

Einen weiteren herben Schlag erleidet der Masterplan des Imperators durch die Hand des Barsenthors, eines Jedi Meisters der gelernt hat Personen von dunklen Machteinflüssen zu schilden und so etwa die Kinder des Imperators von dessen Einfluss zu schützen. Auf Corellia hat der Barsenthor sogar den Ersten Sohn und somit die rechte Hand des Imperators gestellt und bezwungen. Somit sind dessen Kinder nicht länger vor den Machtsinnen der Jedi verborgen.

Wie auch immer man sich entscheidet, die Hauptgeschichte endet mit einer Erschütterung der Machtverhältnisse in der Unterwelt, dem Verlust eines entscheidenden Generals der imperialen Armee, einem Machtwechsel im Dunklen Rat und der wenigstens zeitweiligen Ermordung des Imperators, dessen Pläne sich über Pseudo-Klone (Gedankenimplantate in seine "Kinder") auszubreiten gestoppt wurden. Der oberste Kanzler ist verschollen und Kanzlerin Saresh nimmt eine aggressivere Stellung gegenüber dem Imperium ein.

Darth Malgus rising

Der Angriff der Republik auf Dromund Kaas und die Zerstörung des Tempels des Imperators, sowie dessen erneute Abwesenheit in der Öffentlichkeit, haben Gerüchte befeuert er wäre wirklich tot. Der dunkle Rat ist nach seinen Machtkämpfen mit Darth Baras und Darth Thanaton erneut eine Schlangengrube und unschlüssig darüber wie man geschlossen vorgehen soll. Der schon lange abseits der Sith-Politik Krieg führende Darth Malgus sieht nun seine Chance gekommen. Der Imperator ist tot, lang lebe Imperator Malgus! Mit der Macht von Revans Fabrik und Verbündeten unter den Reformern des Imperiums erklärt sich Malgus selbst zum neuen Imperator und führt auf Ilum Krieg gegen Imperium und Republik.

Malgus kann dabei auf experimentelle Waffentechnologien wie den Tarnschild der Raumstation des Imperators zurückgreifen, aber auch die Droidenarmeen der Fabrik. Sogar HK-47 hat er reaktiviert.

Doch Malgus wahre Trumpfkarte sind die imperialen Reformer, die nach Thanatons Tod und dem Machtverlust des Dunklen Rats ihre Stunde gekommen sehen dem Imperium zu einer neuen Glanzstunde zu verhelfen. Im Gegensatz zum neuen Großmoff Regus ist Malgus fest davon überzeugt, dass man mit Alien-Allianzen die Republik schnell überwältigen kann. Malgus selbst hat sich Trandoshaner und Mandalorianer angeworben, sowie diverse andere Aliens. Und auch namhafte Sith Lords wie Darth Serevin stehen ihm nun zur Seite. Serevin hat sogar einige Voss mitgebracht, um Malgus Reihen zu stärken. Am Ende stirbt der falsche Imperator wie es sich gehört, mit einem Wurf in den Reaktor seiner Raumstation.

Rakghul Konflikte

Auf den Flottenzentren der Republik und des Imperiums macht sich daraufhin ein neues Gerücht breit. Auf Kaon soll es zu einem Ausbruch der Rakghul-Seuche gekommen sein. Republik und Imperium beginnen diesen Gerüchten auf die Spur zu gehen und finden bald heraus, dass ein gewisser Doktor Lorrik auf Ord Mantell ein geheimes Forschungslabor betreibt, das für die Entwicklung seiner Rakghul Supersoldaten verantwortlich war.

Die Schreckensmeister (Dread Masters)

Auf Belsavis hat das Imperium nie mit offenen Karten gespielt. Was nach einem Versuch aussah der Republik einfach eins auszuwischen verbarg die wahren Absichten des Imperators höchstpersönlich. Die Schreckensmeister wurden befreit. Jene Sith Lords die vor Jahren im letzten Krieg allein mit der Macht ihrer Gedanken Terror und Schrecken verbreiten konnten.

Mit dem neuerlichen Verschwinden des Imperators und dem Dunklen Rat in seinen ewigen Machtkämpfen verstrickt, eröffnen die Schreckensmeister ihre eigene Front im Krieg und führen Truppen in den Hutt-Raum. Die Hutts wiederum reagieren mit einer Ausweichstrategie. Unter der Führung Karraggas greifen sie neue Welten an, anstatt die alten zurückzuerobern. Mit Karraggas Tod erfahren Imperium und Republik von dieser neuen Bedrohung. Und auf Denova stehen sie erstmals einer von den Schreckensmeister zusammengewürfelten Armee aus Söldnern und indoktrinierten Imperialen gegenüber. Ehe die Schreckensmeister im Reich der Gree ungeahnte Bedrohungen durch ein antikes Portal entfesseln.